【2026最新】Shopify運営代行おすすめ20社を徹底比較！費用相場や選び方まで解説

弊社はShopify・楽天市場・Amazon・Qoo10などのECモールを横断して、売上向上に向けたサービスを展開しています。

今回は日々の業務で培ったノウハウから、本記事ではShopify運営代行の業務範囲・費用相場・選び方とおすすめ20社について徹底的に解説をしていきます。

「Shopifyでサイトを作ったけど、運営まで手が回らない」「売上を伸ばしたいが社内にEC専任者がいない」「運営代行の費用感や選び方がわからない」といった悩みを抱えている店舗様も少なくないのではないでしょうか？

本記事では、Shopify運営代行とコンサルの違いから、依頼できる業務範囲、費用相場、失敗しない選び方、そしておすすめ20社の特徴まで網羅的にご紹介します。ぜひ最後までご覧ください！

Shopify運営代行とは？コンサルや制作代行との違いを整理

Shopify運営代行とは、Shopifyで構築したECサイトの「日々の運営業務」を専門チームが代わりに行うサービスです。商品登録や在庫管理、受注処理、広告運用、メルマガ配信、データ分析など、ECサイトを継続的に「育てる」ための実務を包括的に任せることができます。

ECサイトは「作って終わり」ではなく、公開後の運営フェーズにこそ工数がかかります。特にShopifyは機能の豊富さゆえに、アプリ選定・テーマカスタマイズ・決済設定など、Shopify固有の知識が求められる場面も多くあります。こうした運営業務をプロに任せることで、事業者様は商品開発やブランディングなどのコア業務に集中できるのが運営代行の最大のメリットです。

「運営代行」と「コンサル」の違い

混同されがちですが、コンサルティングは「戦略の提案・アドバイス」が中心で、実行は自社で行うのが基本です。一方、運営代行は「実務の代行・実行」まで含むため、社内リソースが限られている企業に適しています。

なお、実際には「コンサル＋一部運営代行」のようにハイブリッドで提供している会社も多いため、「自社に足りないのは戦略なのか、実行リソースなのか」を明確にしたうえで依頼先を選ぶことが重要です。

※関連記事：【2026年最新】プロが選ぶShopifyコンサル会社おすすめ25選！費用相場なども徹底解説！

「制作代行」とも異なるポイント

制作代行はECサイトの「構築」が完了したら基本的に役目を終えます。一方、運営代行はサイトの公開後からが本番で、日々のPDCAを回しながら売上拡大を目指します。制作代行と運営代行の両方を提供している会社を選ぶと、構築から運営までシームレスに繋がるため効率的です。

※関連記事：【2026最新】ECサイト構築におすすめの制作会社20選！ECのプロが選び方も併せてご紹介

Shopify運営代行に依頼できる8つの業務範囲

Shopify運営代行会社が提供するサービスは多岐にわたります。ここでは代表的な8つの業務範囲をそれぞれ解説していきます。自社で「手が回っていない」業務がどれに該当するかを確認してみてください。

1. 商品登録・更新・在庫管理

新商品の登録、既存商品の情報更新、バリエーション設定、在庫数の管理などEC運営の基盤となる業務です。商品点数が多い店舗ほど工数がかかるため、代行のニーズが高い領域です。ShopifyではCSVによる一括登録や、在庫管理アプリとの連携も可能なため、代行会社の知見を活かすことで作業効率が大きく向上します。

2. 受注処理・カスタマーサポート

注文の確認・決済処理・発送手配・問い合わせ対応など、バックエンド業務全般を代行します。特にギフト対応やカスタムオーダーがある場合、オペレーションの正確性が顧客満足度に直結するため、経験豊富な代行会社に任せるメリットが大きい領域です。

3. サイトデザイン・LP改善

トップページやカテゴリページのデザイン改善、季節やキャンペーンに合わせたバナー作成、商品ページの訴求強化など、CVR（転換率）に直結する領域です。Shopifyの場合、テーマのセクション機能やLiquidの編集が必要になるケースもあるため、Shopifyに精通したデザイナーがいる代行会社を選ぶことが重要です。

4. SEO対策・コンテンツ制作

ShopifyのSEO対策（メタタグ最適化・サイト構造改善・ブログ記事制作）を代行します。Shopifyは他のカートシステムと比べてSEO設定の自由度が比較的高いため、適切な設定とコンテンツ制作を行えばオーガニック流入を効率的に増やせます。

※関連記事：【2026最新】ShopifyのSEO対策ガイド！基本設定から応用施策まで徹底解説

5. 広告運用（Google・Meta・SNS）

Google広告（検索・ショッピング）、Meta広告（Instagram・Facebook）、LINE広告などの運用を代行します。自社ECは楽天やAmazonと異なり自ら集客を行う必要があるため、広告運用の質が売上を左右します。代行会社によっては、Shopifyの管理画面と広告データを連携した分析レポートも提供してくれます。

6. メルマガ・LINE・CRM施策

購入後のフォローメール、メルマガ配信、LINE公式アカウントの運用、顧客セグメント別のコミュニケーション設計などを代行します。ShopifyではKlaviyoなどの高機能なCRMアプリと連携できるため、適切に設計すればリピート率を大幅に引き上げることが可能です。

※関連記事：Shopifyのメルマガアプリ「Klaviyo」とは？主な機能やメリットから導入時の注意点まで徹底解説！

7. データ分析・レポーティング

Shopifyのダッシュボードやビジネスレポート、Google Analyticsのデータを分析し、月次レポートと改善提案を行います。「数字は見ているが次のアクションに繋がらない」という課題を持つ店舗様にとって、分析→施策提案→実行までを一貫して任せられるのが運営代行の強みです。

8. 物流・フルフィルメント連携

Shopifyと物流倉庫（3PL）の連携設定、配送方法の最適化、返品・交換対応のフロー構築などを代行します。代行会社によっては自社倉庫を持ち、受注から出荷までを完全に丸投げできるケースもあります。

Shopify運営代行の費用相場【業務範囲×フェーズ別】

Shopify運営代行の費用は、依頼する業務範囲と自社のフェーズによって大きく異なります。ここでは費用体系のパターンと業務範囲別の目安をそれぞれ整理していきます。

費用体系の3パターン（月額固定・成果報酬・ハイブリッド）

Shopify運営代行の料金体系は大きく3つに分けられます。それぞれのメリット・デメリットを理解した上で、自社の状況に合った体系を選びましょう。

業務範囲別の費用目安

フェーズ別（立ち上げ期・成長期・安定期）の予算設計

立ち上げ期（月商0〜100万円）では、まずは部分代行か成果報酬型で初期コストを抑えつつ、サイトの基盤を固めることが重要です。月額10万〜20万円程度で商品登録・SEO・基本的な広告運用を任せるのが現実的な選択肢です。

成長期（月商100万〜500万円）になると、広告運用の本格化やCRM施策の導入が求められます。月額20万〜40万円の予算を確保し、戦略込みの運営代行に切り替えるタイミングです。

安定期（月商500万円以上）では、フル代行＋戦略パートナーとしての関わりが効果的です。弊社がご支援したアクセサリーブランド様では、BASE時代からShopifyへ移行し、Klaviyo＋LINE連携のCRM設計を導入した結果、移行後3ヶ月で月商300万円を達成（BASE時代の約2倍）しました（※社名非公開）。このように、運営代行のパートナー選びとCRM設計次第で、売上は大きく変わります。

Shopify運営代行会社の選び方6つのポイント

Shopify運営代行会社は数多く存在しますが、自社に合ったパートナーを見つけるためには以下の6つのポイントを押さえることが重要です。それぞれ解説していきましょう。

1. 支援範囲が自社の課題にフィットしているか

「運営代行」と一口に言っても、会社によって得意領域は異なります。商品登録・受注処理などの作業系に強い会社と、戦略立案・広告運用・CRMなどのマーケティング系に強い会社では、提供する価値がまったく違います。まずは自社の課題が「作業リソースの不足」なのか「戦略・マーケティングの知見不足」なのかを明確にしましょう。

2. Shopify固有の知見（アプリ・Liquid・テーマ）があるか

Shopifyは独自のテンプレート言語「Liquid」やアプリエコシステム、テーマ構造を持っています。一般的なEC運営の知識だけではなく、Shopify固有の技術知識がある代行会社でなければ、「やりたいことができない」「アプリ選定を間違えて余計なコストがかかる」といった問題が発生しがちです。Shopify Experts認定やShopify Plus Partner認定の有無は、ひとつの判断基準になります。

3. ECモール運営の知見も併せ持つか

Shopify自社ECだけを運営している企業は少なく、多くの場合は楽天市場やAmazonなどのECモールと並走しています。自社ECとモールでは集客の仕組みも顧客層も異なるため、両方の知見を持つ代行会社に任せることで、「モールで新規獲得→自社ECでリピート育成」という理想的な顧客循環を設計できます。

4. 実績・支援事例が具体的か

具体的な支援内容と成果数値が開示されているかを確認しましょう。「どのジャンルの商品で」「何を施策として実行し」「結果としてどう変わったか」まで語れる会社は、実際の運営力が高い傾向にあります。

5. レポーティング・コミュニケーション体制

運営代行は「丸投げして終わり」ではなく、定期的なレポートと改善提案のサイクルが回ることで成果が出ます。月次レポートの内容、定例ミーティングの頻度、日常的な連絡手段（Slack・チャットワーク等）など、コミュニケーション体制を事前に確認しておきましょう。

6. 将来的な内製化を見据えたサポートがあるか

運営代行にずっと依存するのではなく、いずれは自社でもEC運営ができる体制を構築することが理想です。運用マニュアルの作成や社内担当者への教育プログラムなど、内製化支援メニューがある代行会社を選ぶと、長期的なコスト最適化にも繋がります。

Shopify運営代行で失敗しないための3つの注意点

運営代行を活用するメリットは大きいですが、依頼の仕方を間違えると期待した成果が出ないケースもあります。ここではよくある失敗パターンと注意点を3つご紹介します。

1. 「丸投げ」で社内にノウハウが残らないリスク

すべてを代行会社に任せきりにすると、契約終了時にEC運営のノウハウが社内に一切残りません。レポートの共有や定例ミーティングを通じて「自社でも再現できる知見」を意識的に吸収する姿勢が重要です。内製化支援プログラムを持つ会社を選ぶのも有効な対策です。

2. 契約期間の縛り・解約条件の確認

運営代行会社によっては最低契約期間が6ヶ月〜1年に設定されている場合があります。特に成果が見えにくい初期段階で長期契約を結んでしまうと、ミスマッチが判明しても解約できないリスクがあります。契約前に解約条件・違約金の有無を必ず確認しましょう。

3. KPI設定なしの運用は危険

「売上を上げたい」という漠然とした目標だけで運営代行を始めると、何をもって成果を判断するのかが曖昧になります。契約時に「3ヶ月後にセッション数◯◯、CVR◯◯%、月商◯◯万円」といった具体的なKPIを代行会社と合意しておくことで、PDCAが回りやすくなります。

【比較表】Shopify運営代行おすすめ20社

ここからは、Shopify運営代行に対応しているおすすめ20社をご紹介します。選定にあたっては、①Shopifyの運営代行実績が確認できること、②法人として公式サイトで情報を公開していること、③作業代行だけでなくマーケティング支援やコンサルティングも提供していることを基準としています。

それぞれ解説していきます。

ECのプロが選ぶShopify運営代行【厳選5社】をご紹介！

1. Finner株式会社

弊社Finner株式会社は、Shopify自社ECの運営代行に加え、楽天市場・Amazon・Qoo10・Yahoo!ショッピングなどのECモール運営支援を横断的に提供しています。「モールで獲得した顧客を自社ECに誘導し、CRM施策でLTVを最大化する」という設計ができるのは、モールと自社ECの両方を熟知しているからこそです。弊社がご支援したオーガニック食品ブランド様では、Shopify×楽天の連携設計により顧客あたりLTVが1.8倍に向上し、楽天→自社ECへの流入が月間200件以上発生する仕組みを構築しました（※社名非公開）。

2. アートトレーディング株式会社

アートトレーディング株式会社は、EC制作から運営代行、物流まで一貫して対応できる老舗のEC支援会社です。自社倉庫（所沢）を保有し、受発注から出荷までのフルフィルメントサービスも提供しているため、バックエンド業務を含めて丸ごと委託したい企業に適しています。月額330,000円（税込）からの運営代行プランがあり、クライアント専属のチームがアサインされます。

3. コマースメディア株式会社

コマースメディア株式会社は、日本国内で3社目にShopify Experts認定を受けたShopify特化の支援会社です。制作から運営代行、物流、カスタマーサポートまでEC事業の全領域をカバーし、部分的なサポートからフルサポートまで柔軟に対応できる点が特徴です。自社でもShopifyを使ったEC事業を運営しているため、実践に裏打ちされたノウハウを持っています。

4. トランスコスモス株式会社

トランスコスモス株式会社は、国内最大規模のEC支援企業のひとつで、Shopify Plus Partnerにも認定されています。ECサイト構築から広告運用、物流、カスタマーサポートまでをワンストップで提供できる体制が強みです。特に大規模EC運営や越境ECに対応できるスケーラビリティを持ち、上場企業を中心に豊富な実績があります。

5. 株式会社これから

株式会社これからは、自社ECサイト支援に特化したEC支援会社で、制作後の集客・広告運用支援にも強みがあります。自社開発の広告自動配信ツール「AdSIST」を提供しており、少額の広告予算からでも効率的な集客が可能です。統計データに基づいた「ユーザーが探しやすく購入しやすいサイト設計」を重視しています。

6. サヴァリ株式会社

サヴァリ株式会社は、契約前に無料の「戦略会議」を実施し、課題の分析と具体的な戦略を提示した上でスタートするのが特徴です。EC運営全般を幅広く代行できる支援体制を持ち、特にSEO対策やSNS運用を活用した集客施策に強みがあります。

7. 株式会社Proteinum（プロテーナム）

株式会社Proteinumは、楽天やAmazonなど大手ECプラットフォーム出身者で構成されたEC専門チームが、データ分析に基づく戦略立案と高速PDCAサイクルで成果を追求します。特にShopify Plusの構築・運営に強みがあり、成果報酬型のプランも用意されています。

8. 株式会社R6B（アールシックスビー）

株式会社R6Bは、Shopify Plus Partner of the Yearを複数回受賞しているアジアトップクラスのShopify Plusパートナーです。高度なカスタマイズ開発やOMO（Online Merges with Offline）対応に強く、大規模EC運営やグローバル展開を見据えた企業に適しています。

9. 株式会社飛躍

株式会社飛躍は、Shopify Plus Partnerとして国内・越境ECの構築から運営代行まで対応する会社です。自社開発のShopifyアプリも提供しており、在庫管理や翻訳対応など、標準機能では対応しにくいニーズにも柔軟に応えます。IT導入補助金の活用支援も行っています。

10. 世界へボカン株式会社

世界へボカン株式会社は、越境EC・海外Webマーケティングに完全特化した支援会社です。英語圏を中心に多くの海外販売支援実績を持ち、Shopifyを使った多言語・多通貨対応のEC構築と、海外向けSEO・広告運用の知見が豊富です。国内販売は他社で行い、海外販売だけを世界へボカンに依頼するケースもあります。

11. 株式会社CINGROUP

株式会社CINGROUPは、「asnaro」ブランドでEC制作・運営代行・物流代行を提供しています。化粧品やアパレルの運営実績が豊富で、ECサイト制作費用を抑えつつ広告運用やサービス改善にリソースを集中させる方針が特徴です。所在地は東京都渋谷区。

12. AnyMind Group株式会社

AnyMind Group株式会社は、D2Cブランドの立ち上げから運営、マーケティング、物流までを包括的に支援するグローバル企業です。Shopify Plusにも対応しグローバル展開に強みを持ちます。商品開発・生産から物流管理まで、ブランドビジネス全体を一気通貫でサポートできる点が特徴です。所在地は東京都港区。

13. 株式会社Epace（イーペース）

株式会社Epaceは、EC制作・マーケティング支援・運営代行を一気通貫で提供しています。マーケティング・コンサルティング領域に強いプロが多数在籍しており、数値分析や改善提案を通じてShopify運営を継続的に最適化できます。所在地は東京都品川区。

14. 株式会社ザーナス

株式会社ザーナスは、Shopifyを含む様々なECシステムの運営代行を手がけ、支援実績は650社超。スタッフ全員がネットショップ実務士や通販エキスパートなどの資格を保有しています。ライトプラン（月額107,800円+成果報酬3%）からスタートでき、一部業務のみの委託も可能です。所在地は東京都港区。

15. 株式会社プレイビット

株式会社プレイビットは、Shopify公認パートナーとしてEC構築・運用代行・コンサルティングを提供しています。ヒアリングから制作・運用まで一貫して専属コンサルタントが担当する体制で、丁寧なコミュニケーションに定評があります。所在地は東京都千代田区。

16. 株式会社RESORT

株式会社RESORTは、D2C型EC・クリエイティブ重視のECサイト制作と運営支援を得意としています。複数の自社ブランドEC事業を運営しており、その知見をクライアント支援に反映。パッケージ料金にアプリ導入費用も含まれているため、コストの透明性が高い点が特徴です。所在地は東京都目黒区。

17. ごえん株式会社

ごえん株式会社は、岩手県北上市に本社を構えるEC支援会社で、楽天市場やYahoo!ショッピングなどのモール運営代行とShopify運営代行の両方に対応しています。注文管理・伝票作成・問い合わせ対応といった運営実務を丸投げでき、一部業務のみの依頼にも柔軟に対応します。地方企業のEC支援実績も豊富です。

18. 株式会社Roseau Pensant（ロゾパンサン）

株式会社Roseau Pensantは、リテール業界を中心に幅広い業種・業界の企業を支援するEC運営代行会社です。課題抽出から改善立案・実行までをトータルサポートし、運用セットプランに加えて単品・オプションメニューから選択できる柔軟な料金体系が特徴です。所在地は東京都中央区。

19. 株式会社KOSHIKI

株式会社KOSHIKIは、Shopify Expertに認定された中小規模EC向けのサイト開発に強みを持つ会社です。「さくっとShopifyプラン」（39.8万円〜）などリーズナブルなプランがあり、全スタッフがECサイト運営経験者です。ランディングページ制作やリスティング広告の運用代行にも対応しています。所在地は東京都港区。

20. 株式会社フルバランス

株式会社フルバランスは、Shopifyに特化したコンサルティング・運営支援を提供しています。Shopify公式フォーラムでの貢献度が高く、Shopifyの技術仕様に関する深い知見が強みです。売上成長率の具体的な数字を公開しており、成果にコミットした支援スタイルが特徴です。所在地は東京都千代田区。

Shopify運営代行を活用すべき企業・不要な企業

運営代行はすべての企業に必要なわけではありません。ここでは運営代行を活用すべきケースと自社対応で十分なケースをそれぞれ整理します。

運営代行を活用すべき5つのケース

以下に当てはまる場合は、運営代行の活用をおすすめします。

• EC専任の担当者がいない：他業務と兼任でEC運営を行っており、施策の実行が追いつかない
• Shopifyの知識が社内にない：アプリ選定やテーマカスタマイズに不安がある
• サイトを公開したが売上が伸びない：集客や転換率改善の知見が必要
• モールとの並走運営で手が回らない：楽天やAmazonも運営しており、自社ECまでカバーしきれない
• 短期間で売上を立ち上げたい：新商品ローンチやキャンペーンに合わせて迅速に施策を回したい

自社対応で十分な3つのケース

一方で、以下のケースでは無理に運営代行を使う必要はありません。

• EC専任チームがあり、Shopifyに詳しい人材がいる：自社でPDCAを回せるなら、まずはコンサル（アドバイス型）で十分
• 月商が安定しており、大きな施策変更の予定がない：現状維持で問題ないフェーズでは費用対効果が出にくい
• EC運営のノウハウを自社に蓄積したい段階：最初から代行に出すと学びの機会を失う可能性がある。コンサル＋内製が良い

まとめ

本記事では、Shopify運営代行の業務範囲・費用相場・選び方のポイント・おすすめ20社について徹底的に解説しました。

Shopify運営代行を選ぶ際のポイントをまとめると、以下の通りです。

• 「コンサル」と「運営代行」の違いを理解し、自社に必要なのが「戦略」か「実行リソース」かを明確にする
• Shopify固有の知見（アプリ・Liquid・テーマ）を持った会社を選ぶ
• ECモール運営の知見も併せ持つ会社なら、自社EC×モールの相乗効果を狙える
• 費用体系（固定・成果報酬・ハイブリッド）を自社フェーズに合わせて選ぶ
• KPI設定とレポーティング体制を事前に確認しておく

弊社Finner株式会社では、Shopify自社ECの運営代行に加え、楽天市場・Amazon・Qoo10などのECモール運営支援を横断的に提供しています。弊社がご支援したINOVE STYLE様では、Shopifyサイト制作だけでなく、ブランディング・インフルエンサー施策・メルマガ/LINE戦略まで一気通貫でご支援させていただきました。

⇒ INOVE STYLE様のShopify ECサイト制作支援事例の詳細はこちら

Shopifyの運営でお悩みの方は、ぜひお気軽にご相談ください。本記事が、自社に最適なパートナー選びの参考になれば幸いです。

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