【2026最新】Shopifyの在庫管理を徹底解説！標準機能からおすすめアプリなどもご紹介

弊社は楽天市場・Amazon・Shopifyなどを中心として、売上向上に向けたサービスを展開しています。

今回は日々の業務で培ったノウハウから、本記事ではShopifyの在庫管理について徹底的に解説をしていきます。

Shopifyの在庫管理について「標準機能だけでどこまで対応できるのか？」「商品数やチャネルが増えたときにどう管理すればいいのか？」といった悩みを抱えている店舗様も少なくないのではないでしょうか？

本記事では、Shopifyの標準在庫管理機能の使い方から、複数拠点・複数モール運営に対応するための外部アプリ・システム連携、そして在庫管理で失敗しないための注意点まで、EC運営のプロの視点で網羅的にお伝えしていきます。ぜひ最後までご覧ください！

Shopifyの在庫管理とは？基本の仕組みを理解しよう

まずは、Shopifyにおける在庫管理の全体像を押さえていきましょう。在庫管理がEC運営においてどのような役割を果たすのか、そしてShopifyの標準機能でどこまでカバーできるのかを整理していきます。

EC運営における在庫管理の重要性

EC運営において、在庫管理は売上と利益の両方に直結する「守りの要」です。在庫管理が適切に行われていないと、以下のような問題が発生します。

• 在庫切れによる機会損失：売れ筋商品が欠品すると、その間の売上がゼロになるだけでなく、顧客が競合店舗に流れてしまいます
• 過剰在庫によるキャッシュフロー悪化：売れない在庫を抱え続けると、保管コストが膨らみ、次の仕入れや広告投資に回す資金が圧迫されます
• 売り越し（在庫ズレ）による信用低下：特に複数チャネルで販売している場合、在庫数の同期が追いつかず「注文を受けたが在庫がない」という事態が発生します。キャンセル対応が続くとレビュー低下やブランドイメージの毀損につながります

弊社が500店舗以上のEC支援を行ってきた中でも、在庫管理の精度が低いことが売上停滞の原因になっているケースは非常に多いと実感しています。特に月商が1,000万円を超えたあたりから、手動管理の限界が顕在化しやすくなります。

Shopify標準の在庫管理で何ができるのか

Shopifyには、追加料金なしで使える標準の在庫管理機能が搭載されています。主にできることは以下のとおりです。

• 商品ごとの在庫数の確認・変更
• 在庫追跡の有効化（自動で在庫数を減少させる）
• 複数ロケーション（拠点）での在庫管理
• CSVによる在庫の一括更新
• 仕入れ管理（Purchase Order）による入荷管理
• 在庫レポート（月末スナップショット・日次販売数など）
• Shopify Flowを使った在庫減少時の自動通知

Shopifyの管理画面だけで、在庫の追跡・変更・レポート確認といった基本的な在庫管理はひと通り行えます。小規模な店舗や、Shopify単体で販売している場合は、標準機能だけでも十分に運用可能です。

在庫ステータス（手持ち・販売可能・確定済み・入荷中）の違い

Shopifyの在庫管理を正しく使いこなすためには、在庫ステータスの違いを理解しておくことが重要です。それぞれの意味を以下の表にまとめました。

たとえば、手持ちが50個で確定済みが10個、販売不可が5個の場合、販売可能な在庫は35個です。在庫ページや商品詳細ページでこれらのステータスを確認できますので、定期的にチェックする習慣をつけておきましょう。

Shopify標準機能でできる在庫管理の操作方法

ここからは、Shopifyの管理画面で行える在庫管理の具体的な操作方法を解説していきます。初めてShopifyで在庫管理を行う方でもわかるように、手順を追って説明していきましょう。

在庫追跡の有効化と初期設定

Shopifyで在庫管理を始めるには、まず「在庫を追跡する」機能を有効化する必要があります。手順は以下のとおりです。

• Shopify管理画面で「商品管理」→「すべての商品」を開く
• 在庫を追跡したい商品をクリック
• 「在庫」セクションで「在庫を追跡する」にチェックを入れる
• 各ロケーションの在庫数を入力する
• 保存する

この設定を行うと、注文が入るたびに自動で在庫数が減少します。在庫がゼロになると自動で「売り切れ」表示になるため、手動で在庫切れ対応をする必要がなくなります。

なお、「在庫切れの場合でも販売を続ける」にチェックを入れると、在庫がゼロでも購入可能な状態を維持できます。これは予約販売やバックオーダーを受け付けたい場合に活用する機能です。

在庫数の確認・変更・一括編集

在庫数の確認と変更は、以下の2つの方法で行えます。

①在庫ページから確認・変更する方法

管理画面の「商品管理」→「在庫」を開くと、全商品の在庫数が一覧で表示されます。ここでは出荷状況や在庫数などの条件で絞り込み検索が可能です。在庫数を直接編集することもできます。

②商品詳細ページから変更する方法

個別の商品詳細ページからも、バリエーション（カラー・サイズ）ごとの在庫数を確認・編集できます。バリエーションが多い商品は、商品詳細ページでの管理が便利です。

また、複数商品の在庫を一度に変更したい場合は、「商品管理」ページで複数商品にチェックを入れて一括編集する方法が効率的です。

CSVを使った在庫の一括更新

SKU数が多い店舗では、CSVファイルを使った一括更新が便利です。Shopifyでは、商品データをCSVでエクスポートし、在庫数を編集した上で再度インポートすることで、大量の在庫情報を一括で更新できます。

CSV一括更新の手順は、管理画面の「商品管理」→「エクスポート」でCSVファイルをダウンロードし、Excelやスプレッドシートで在庫数を編集してから「インポート」で反映するという流れです。

ただし、CSV操作には注意点もあります。フォーマットを誤ると在庫データが正しく反映されないケースがあるため、必ずバックアップを取ってから作業することをおすすめします。

※関連記事：Shopifyの商品登録方法を徹底解説！基本操作からCSV一括登録まで完全ガイド

複数ロケーション（拠点）での在庫管理

Shopifyでは、複数の倉庫や実店舗をロケーションとして登録し、それぞれの在庫を個別に管理することが可能です。管理画面の「設定」→「ロケーション」から拠点を追加できます。

なお、登録できるロケーション数はプランによって異なります。Basicプランでは最大10拠点、Shopifyプランでは最大10拠点、Advancedプランでは最大10拠点、Plusプランでは200拠点まで設定可能です（2026年3月時点）。

複数ロケーションを活用すると、各拠点の在庫状況をリアルタイムで把握でき、注文に対して最適な拠点から出荷する運用が可能になります。配送時間の短縮やコスト最適化にもつながるため、拠点が複数ある店舗様は積極的に活用していきましょう。

仕入れ・入荷管理（Purchase Order）の活用

Shopifyでは、仕入れ先への注文書（Purchase Order）の作成・管理ができます。仕入れ管理機能を使うことで、以下が実現できます。

• サプライヤーへの発注内容を記録・追跡する
• 入荷予定の在庫を「入荷中」ステータスで管理する
• 入荷が完了した時点で在庫数を自動反映する
• 複数ロケーション間で在庫の移動（Transfer）を行う

仕入れ管理機能を活用すると、「いつ・何が・どれだけ届くのか」を管理画面上で可視化できます。在庫切れ前の発注タイミングを見極めやすくなるため、積極的に活用することをおすすめします。

Shopify標準の在庫管理だけでは限界を感じる5つのケース

Shopifyの標準在庫管理機能は、小規模な運営には十分ですが、事業が成長するにつれて限界を感じる場面が出てきます。以下の5つのケースに当てはまる場合は、外部ツールの導入を検討すべきタイミングです。

SKU数が増えて手動管理が追いつかない

取り扱い商品が数百〜数千SKUに達すると、在庫ページでの手動確認や個別の在庫調整では、作業量が膨大になりヒューマンエラーのリスクが高まります。バリエーション（カラー・サイズ違い）が多い商品を扱うアパレルやコスメジャンルでは、SKU数が急速に膨らみやすく、管理の複雑さが増しがちです。

楽天・Amazonなど複数モールに出店している

Shopifyに加えて楽天市場やAmazonなど複数の販売チャネルに出店している場合、在庫の一元管理が必須になります。各モールの管理画面を個別に操作して在庫を合わせるのは非常に手間がかかり、タイムラグによる売り越しが発生するリスクも高くなります。

弊社がご支援したオーガニック食品ブランド様も、Shopify自社EC＋楽天市場の2軸で運営されていましたが、当初はShopifyと楽天で顧客データや在庫データが分断されており、統合的な管理ができていない状態でした。在庫連携も含めたEC運営全体の設計を見直した結果、顧客あたりLTVが1.8倍に改善されています（※社名非公開）。

実店舗とECの在庫を一元管理したい

実店舗とECサイトの両方で同じ商品を販売している場合、リアルタイムでの在庫同期が求められます。Shopify POSを導入すれば、実店舗とオンラインの在庫データを連携することは可能ですが、POSの利用にはAdvancedプラン以上（または追加のPOS Proサブスクリプション）が必要になる点に注意が必要です。

在庫切れ・過剰在庫による機会損失が発生している

「気づいたら売れ筋商品が欠品していた」「セール後に大量の在庫が残ってしまった」——こうした在庫の過不足による機会損失は、EC運営でよくある課題です。Shopifyの標準レポートでも在庫の動向はある程度把握できますが、需要予測や自動発注といった高度な分析機能は備わっていません。

在庫データを分析して発注最適化したい

在庫回転率やABC分析（売上貢献度の高い商品を可視化する分析手法）を活用して、発注量やタイミングを最適化したい場合も、標準機能だけでは難しくなります。Shopifyの在庫レポートで月末スナップショットや日次販売データは確認できますが、発注点の自動計算や在庫回転率のトラッキングには、外部ツールの力が必要です。

Shopifyの在庫管理を強化する3つの方法

Shopifyの標準機能だけでは対応しきれない場合、在庫管理を強化する方法は大きく3つあります。自社の事業フェーズや課題に合わせて、最適な方法を選んでいきましょう。

方法①：Shopify専用の在庫管理アプリを導入する

Shopifyのアプリストアには、在庫管理に特化した専用アプリが多数公開されています。アプリをインストールするだけで、在庫アラート、自動発注、バーコード管理などの機能を追加できるため、比較的手軽に在庫管理を強化できるのがメリットです。

ただし、Shopifyアプリは海外製のものが多く、日本語対応していないアプリも少なくありません。導入前に日本語対応の有無やサポート体制を確認しておくことが重要です。

方法②：外部の一元管理システム（OMS）と連携する

Shopifyに加えて楽天やAmazonにも出店している場合は、複数チャネルの在庫を一元管理できるOMS（Order Management System）の導入が有効です。ネクストエンジンやGoQSystem、TEMPOSTARなどの一元管理システムは、各モール・カートとAPIで連携し、在庫情報をリアルタイムで同期します。

一元管理システムを導入するメリットは、在庫だけでなく受注管理・出荷管理・売上分析まで一括で効率化できる点です。月額費用は発生しますが、人件費の削減や売り越し防止による機会損失の削減効果を考えると、費用対効果の高い投資といえます。

※関連記事：ネクストエンジンとは？複数のECを一元管理！概要や料金、注意点について徹底解説

方法③：フルフィルメント（物流代行）サービスを活用する

在庫の保管・ピッキング・梱包・発送といった物流業務ごと外部に委託するのが、フルフィルメントサービスの活用です。Shopifyはオープンロジとの提携によるShopify物流代行サービスを提供しているほか、3PL（サードパーティ・ロジスティクス）パートナーとの連携も可能です。

フルフィルメントサービスは、商品数や出荷量が増えて自社での対応が追いつかない場合に特に有効です。在庫管理の精度が上がるだけでなく、配送スピードの向上や、梱包品質の安定化にもつながります。

※関連記事：【出店者必見】ネットショップの多店舗展開とは？概要からメリデメまで徹底解説！

Shopifyと連携できるおすすめ在庫管理アプリ・システム8選

ここからは、Shopifyと連携して在庫管理を強化できるおすすめのアプリ・システムを8つご紹介します。まずは比較表で全体像を把握し、その後に各サービスの特徴を確認していきましょう。

それぞれのサービスについて、もう少し詳しく見ていきましょう。

Stocky（Shopify公式）

StockyはShopifyが提供する公式の在庫管理アプリで、Shopify POS Proに含まれています。発注書の作成、在庫分析、需要予測といった機能を備えており、実店舗とECを併用する店舗に最適です。ただし、2026年3月時点で日本語には未対応のため、英語での操作に抵抗がない方向けのツールです。

まとまるEC店長

まとまるEC店長は、商品登録・在庫管理・受注管理をまとめて管理できるShopifyアプリです。日本語対応で操作がわかりやすく、初めて外部ツールを導入する店舗様にも使いやすい設計になっています。複数モールへの商品登録機能も備えているため、多店舗展開の第一歩としても活用できます。

ネクストエンジン

ネクストエンジンは、EC一元管理システムの中で最も導入実績が多いサービスの一つです。楽天市場・Amazon・Yahoo!ショッピングをはじめとする多数のモール・カートに対応しており、受注管理から在庫連携、出荷管理までを一括で自動化できます。Shopifyとの連携はスタンダード以上のプランで利用可能です。

※関連記事：ネクストエンジンとは？複数のECを一元管理！概要や料金、注意点について徹底解説

ロジクラ

ロジクラは、iPhoneで検品作業ができるのが大きな特徴です。検品結果はAPIでリアルタイムにShopifyに連携されます。実店舗とECのオムニチャネルでの在庫管理に強く、実際にオムニチャネル運営で商品の欠品がゼロになった事例もあるサービスです。無料プランがあるため、小規模な店舗でも導入ハードルが低いのもメリットです。

ロジレス

ロジレスは、受注管理（OMS）と倉庫管理（WMS）を一体化した自動出荷プラットフォームです。受注から出荷までを完全自動化できるため、月間出荷件数が多い中〜大規模の店舗に向いています。Shopifyはもちろん、楽天やAmazonなど複数モールとの連携にも対応しています。

OPENLOGI（オープンロジ）

OPENLOGIは、商品の保管・梱包・発送まで物流をまるごと代行するフルフィルメントサービスです。Shopifyとの連携にも対応しており、APIで注文データを自動取得し、倉庫から出荷します。初期費用や月額固定費がなく従量課金制のため、自社倉庫を持たない店舗や、物流業務を外部委託したい店舗に適しています。

GoQSystem

GoQSystemは、Shopifyをはじめ各ECサイトとの在庫連携が3分で完了するのが大きな強みです。追加オプションで連携間隔を1分に短縮することも可能で、在庫ズレのリスクを最小限に抑えられます。受注管理や出荷管理もカバーしており、2〜5チャネルを運営する中規模の店舗に使いやすいサービスです。

TEMPOSTAR（テンポスター）

TEMPOSTARは、カスタマイズ性の高さが特徴の一元管理システムです。ASPタイプでありながら、独自の業務フローに合わせた設定変更が可能なため、事業の成長に伴って要件が変化しても柔軟に対応できます。Shopifyとの在庫連携はもちろん、楽天・Amazon・Yahoo!など主要モールにも幅広く対応しています。

Shopifyの在庫管理アプリ・システムの選び方のポイント

在庫管理ツールは種類が多く、「結局どれを選べばいいかわからない」という方も多いのではないでしょうか。ここでは、ツール選定時に押さえておくべき4つのポイントを解説します。

事業フェーズ（月商規模）で選ぶ

在庫管理ツールは、事業の規模感に合わせて選ぶことが重要です。以下を目安にしてみてください。

弊社がご支援したアクセサリーブランド様は、BASEからShopifyに移行した後、月商300万円を3ヶ月で達成されました（※社名非公開）。成長フェーズでは商品数やバリエーションが急増するため、「今の規模」だけでなく「半年後の規模」も見据えてツールを選定することをおすすめします。

販売チャネル数で選ぶ

Shopify単体での販売であれば、Shopifyアプリで対応できるケースがほとんどです。しかし、楽天・Amazon・Yahoo!など複数モールに出店している場合は、一元管理システムの導入がほぼ必須になります。

チャネル数が2つ以上ある場合は、各モールとの連携実績が豊富なシステム（ネクストエンジン、GoQSystem、TEMPOSTARなど）を選ぶと安心です。

倉庫・物流との連携要件で選ぶ

自社倉庫で在庫を管理している場合と、外部倉庫（3PL）を利用している場合では、求められる連携機能が異なります。外部倉庫を利用する場合は、WMS（倉庫管理システム）との連携が可能なサービスを選ぶ必要があります。ロジレスやロジクラは、WMS機能を内蔵しているため、倉庫連携を重視する店舗に適しています。

費用対効果を見極める

在庫管理ツールの導入には月額費用がかかりますが、「ツール費用」と「在庫管理の不備によるコスト」を比較することが重要です。売り越しによるキャンセル対応コスト、過剰在庫の保管コスト、在庫管理に費やす人件費——これらを合算すると、月額数万円のツール費用は十分にペイできるケースがほとんどです。

※関連記事：【2026最新】Shopifyおすすめアプリ厳選！カテゴリ別に徹底紹介

Shopifyの在庫管理で失敗しないための注意点

在庫管理の仕組みを整えたら、それで終わりではありません。日々の運用で気をつけるべきポイントを押さえておくことで、在庫トラブルを未然に防ぐことができます。

在庫切れ通知（Shopify Flow）を必ず設定する

Shopifyの自動化ツール「Shopify Flow」を使えば、在庫数が一定の閾値を下回った際に自動で通知を受け取ることができます。たとえば「在庫が10個以下になったらSlackに通知を送る」といったワークフローを設定しておくことで、在庫切れ前に発注アクションを起こすことが可能です。

Shopify Flowはスタンダードプラン以上で利用できます。設定自体は非常にシンプルなので、まだ導入していない方はぜひ設定しておきましょう。

安全在庫の考え方と設定方法

安全在庫とは、需要の変動やリードタイム（発注から入荷までの期間）のばらつきを吸収するために持っておくバッファ在庫のことです。安全在庫を設定しておくことで、急な需要増加や仕入れの遅延が発生しても在庫切れを防げます。

安全在庫の算出には、「1日あたりの平均販売数 × リードタイム日数 × 安全係数（1.5〜2倍程度）」という計算式が一般的に使われます。商品ごとの販売ペースに応じて安全在庫を設定し、Shopify Flowの通知閾値と連動させておくと、効率的に在庫管理が行えます。

棚卸し（実在庫チェック）の定期実施

システム上の在庫数と実際の在庫数が合わない「在庫ズレ」は、どんなに管理を徹底していても発生する可能性があります。商品の破損、ピッキングミス、返品処理の漏れなど、原因はさまざまです。

これを防ぐためには、定期的な棚卸し（実在庫チェック）が不可欠です。小規模店舗であれば月1回、大規模店舗であれば週1回程度を目安に、システム在庫と実在庫の照合を行い、差異があれば原因を特定して修正しましょう。

在庫回転率を意識したSKU管理

在庫回転率は、「一定期間に在庫が何回入れ替わったか」を示す指標で、EC運営の健全性を測る上で非常に重要です。計算式は「売上原価 ÷ 平均在庫金額」で求められます。

在庫回転率が低い商品は、売れ行きが悪く過剰在庫になっている可能性があります。定期的にABC分析を行い、売上貢献度の低いC商品群については値引きセールでの在庫消化や取扱い終了を検討することが、キャッシュフロー改善の第一歩です。

弊社が500店舗以上の支援を行ってきた経験から言えるのは、「在庫回転率の改善は、広告費やSEO施策と同等かそれ以上に利益に直結する」ということです。在庫管理は地味な業務に見えますが、EC経営の根幹を支える最重要テーマの一つです。

まとめ

本記事では、Shopifyの在庫管理について、標準機能の使い方から外部ツールの選び方、運用上の注意点まで幅広く解説してきました。

最後にポイントを整理します。

• Shopifyの標準在庫管理機能は、在庫追跡・複数ロケーション・仕入れ管理など基本的な機能が揃っており、小規模運営には十分対応可能
• SKU数の増加、複数モール出店、実店舗との在庫連携が必要になったら、外部の在庫管理アプリ・一元管理システムの導入を検討すべきタイミング
• ツール選定では「事業フェーズ」「販売チャネル数」「倉庫連携要件」「費用対効果」の4つの視点から判断する
• 在庫切れ通知（Shopify Flow）の設定、安全在庫の算出、定期的な棚卸し、在庫回転率の管理を日常運用に組み込むことが重要

在庫管理の仕組みを整えることは、売上を伸ばすための「攻め」の施策を最大限に活かすための土台づくりです。ぜひ本記事を参考に、自社に合った在庫管理の運用体制を構築していただけますと幸いです。

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